自然哲学使用数学来描述和解释自然现象是源于欧洲文艺复兴时期。这个时期欧洲的文化得到了大幅度的提升，自然哲学作为古代哲学和现代自然科学的桥梁，用严谨的数学方法对自然现象进行研究，从而建立了物理学、化学、天文学等学科。自然哲学运用数学原理使我们对自然的认识更加深入。
自然哲学数学基础产生与人类对于数学本身的独立探索，早期的希腊哲学家和数学家对于数学的探究使得数学基础变得更加严谨自然。而近代哲学与数学的协作，使得数学逐渐成为科学语言的基础。基于这一点，《自然哲学的数学原理》一书的出版为该领域研究提供了很大的推动。
随着科学技术的进步，自然哲学中的数学方法也随着改变不断发展，它们广泛应用于航天、军事、生物等领域。我们相信自然哲学中数学的力量将会不断地为人类的探索提供源源不断的动力。